病原菌
主要的深部真菌病有念珠菌病、曲菌病、组织胞浆菌病、球孢子菌病、孢子丝菌病、毛菌病、着色真菌病、隐球菌病及芽生菌病等。
促发因素
真菌对呼吸道的感染途径大致有两种，一种是原发的吸入感染；另一种是条件致病，促使真菌性肺炎发生的因素有：
（2）慢性消耗性疾病如恶性肿瘤。
（3）影响免疫功能的网状内皮系统疾患及血液病如白血病，粒细胞缺乏症，再生障碍性贫血等。
（4）代谢紊乱性疾病如糖尿病及肾衰竭。
（5）长期使用肾上腺皮质激素及其他免疫抑制药，引起机体免疫功能低下。
（6）先天性免疫功能缺陷。
（7）长期使用广谱抗生素，抑制了肠道内阻制念珠菌繁殖的微生物，使菌群平衡失调。
（8）长期应用静脉高营养的患者。
（9）医院内因污染的器械（如较长期留置的各种导管）而感染。
（10）获得性免疫缺陷病（艾滋病，AIDS）。
发病机制
1、真菌在肺内的感染途径可分为三种类型：
(1)内源性感染，即从正常人口腔和上呼吸道寄生的真菌进入下呼吸道导致感染。原发病灶多在口腔(如鹅口疮)，感染可自气管向下蔓延而引起呼吸道疾病，或可经血行播散而波及肺部；
(2)外源性感染，疫力低下患儿吸入大量菌丝及孢子时或是吸入孢子数超出人体防御系统的极限时，可致原发性肺真菌病；
(3)继发性感染，主要继发于肺结核、支气管扩张、肺脓、肺炎、肺囊肿或肺癌的基础上，婴儿及儿童少见。
2、正常情况下：
自然界各个角落存在着大量真菌，人体与外界相通的肺脏内亦隐藏着无数真菌，一般不致病。但在下列情况下就可发病。
(1)吸人带有真菌孢的粉尘，而肺部防御系统又不能及时将其清除，常见于在阴湿地方作业的农民、林区工人等。
(2)在我国，真菌感染的高危人群主要是长期大量使用免疫抑制剂、长期大量使用广谱抗生素和免疫功能缺陷的患者。主要见于下列情况：①长期大量使用广谱抗生素，使体内敏感性细菌受抑制，而真菌得以大量繁殖致病。②使用肾上腺皮质激素、免疫抑制剂、代谢拮抗剂、抗癌药物或进行放射治疗等，引起身体防御系统的破坏及功能失调。③发生在某些基础疾病，如肺结核、恶性肿瘤、糖尿病酸中毒、营养不良、尿毒症、烧伤、导管插入、皮肤粘膜损伤等，机体抵抗力下降，使得体内真菌大量繁殖、发病。
(3)身体其他部位的真菌病变经血行、淋巴系统或直接蔓延播散到肺部，此类情况少见。
