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外形不同
虫草花：虫草花是人工养殖的，是由大米、小麦、玉米以及豆类、蛋奶类等按配方比例培育出来的一种菌，外形类似于菌，颜色为金黄色，形似金针菇。
冬虫夏草：是野生的中药材，它在冬天是虫体，在夏季是植物，主要以虫体出售，还有草尾。
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营养成分不同
虫草花：虫草花含有丰富的蛋白质、氨基酸以及虫草素、甘露醇、SOD、多糖类等成分。
冬虫夏草：冬虫夏草中含水分10.85%，脂肪8.50%，粗蛋白25.3%，粗纤维18.55%，碳水化物28.90%，灰分4.80%。脂肪含饱和脂肪酸13.00%，不饱和脂肪酸82.2%，虫草酸约7%，以及冬虫夏草素。
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功效不同
虫草花：在临床上虫草花虽然在使用，但是并未将其划为中药材，主要用以辅助治疗眩晕耳鸣、健忘不寐、腰膝酸软、久咳虚喘等症。
冬虫夏草：冬虫夏草甘平保肺，益肾，补精髓，止血化痰，已劳咳，治膈症皆良。
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产地不同
虫草花：虫草花虽然是科学研究的成品，但是其生产地却十分受气候的限制，目前国内主要在新会和沈阳种植。
冬虫夏草：这类自然界生长的菌类在我国很多地区都有分布，主要在我国青海、西藏、四川、云南、贵州、甘肃等海拔在3500~5000米的高原地区。
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