存在霉菌感染的风险
因为水果酵素是采用的自然发酵的方法，在发酵过程中菌落的构成受起始条件影响很大。在自然界中，水果表面的微生物组成是十分多样的。而除了发酵需要的酵母菌或乳酸菌外，还有其他包括致病菌在内的微生物在蠢蠢欲动。一旦在制作的过程中稍有不慎，使得发酵过程中杂菌“占山为王”，这其中包括多种青霉、曲霉在内的霉菌，可以产生称作展青霉素(又称作棒曲霉素)的物质，对于被霉菌污染的水果制品(尤其是苹果)来说，其展青霉素含量可达每克1微克，按照“水果酵素”中果、水3:10的比例计算，每天饮用100毫升就已经接近甚至超过暂定每日最大摄入量了。展青霉素在动物实验中表现出神经毒性、胚胎毒性和一定致癌性，并且会对动物免疫系统具有抑制作用。
存在糖分超标的风险
很多女性都是想通过自制酵素来搭配减肥的效果，而实际上水果酵素在制作的过程要加入大量的糖，从网上信息看，糖、水果和水的比例从1：3：10~1：1：5不等。换句话说，“水果酵素”的含糖量在10%以上。如此多的糖在让口味变的“好喝”的同时，无形中增加了糖的摄入量，而这么大含量的糖分又何来减肥的功效。
存在亚硝酸盐超标风险
自制水果酵素会产生更多的亚硝酸盐，在乳酸菌发酵过程中，亚硝酸盐呈先上升再下降的变化趋势，浓度峰值在1周左右时达到顶峰，随后下降。而一周左右是网上一些“水果酵素”推荐的饮用时间。虽然随着存放时间的延长，亚硝酸盐含量会下降，但增加的发酵时间则会增加其他物质的产生。
营养师提醒：水果酵素功效并不大
营养师表示水果酵素本质上是水果释放的和添加的糖、乳酸菌产生的乳酸或是酵母产生的酒精、氨基酸、维生素等代谢产物，再加上大量乳酸菌或酵母菌的菌体组成的混合物。它的成分组成，和酸菜汁或酒酿并没有本质差异。
“水果酵素”最大的卖点，就是宣称“酵素”能够起到“减肥”、“养颜”、“排毒”等功效。但实事是，想依靠“酵素”，或者说酶，来起到这些效果，只能是美好的想象。从前面分析已经得出，蛋白质在整个发酵液中的量就很低。别提按照传言中的“一天喝100毫升”，就算喝上一公斤的“水果酵素”，获得的总蛋白质也不过0.2g——还不如吃上一个中等大小的苹果。况且即使吃下了那少的可怜的酶，它也无法发挥其作用——由于它们缺乏保护，在通过消化道时，胃液和肠液中的蛋白酶就将它们斩为小段，化作寡肽和氨基酸被吸收了。
