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商标不同
五星茅台使用的是麦穗围绕着五星的商标，也是茅台酒最初的商标;
飞天茅台为了出口使用了敦煌壁画中的飞天仙女作为商标。
在1954年5月1日，茅台酒厂成功注册了“金轮牌”商标，也就是那个麦穗围绕着五星的商标，这个商标就是五星茅台的前身。
当时新中国刚刚成立，国际地位不高，也被一些国外的反华势力不认同。出口的金轮牌茅台酒也被反华势力用来大作文章，他们认为“五星”、“齿轮”、“麦穗”等元素带有政治商标，呼吁群众抵制茅台酒，结果导致茅台酒海外销量大跌。
茅台酒酒厂为了解决这一问题，决定改变外销茅台酒的商标。而当时外国人最喜欢的中国元素就是敦煌的壁画，其中壁画上的飞天图案是壁画的标志性元素，在国外有着非常高的接受度。
另外，飞天还有着外交使者的寓意，与茅台外销有着非常合适的契合点，所以茅台酒酒厂决定使用敦煌壁画中的飞天仙女作为商标。
到了1958年“飞天”商标在香港、新加坡、马来西亚等地注册成功，商标所有权归贵州省粮油食品进出口公司所有，茅台酒厂有偿使用。从此茅台酒便是“金轮”牌茅台酒内销，“飞天”牌茅台外销。
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包装不同
飞天茅台的外观比五星茅台要精美，飞天茅台在1958年就配上红票带了，而五星茅台到了1991年才配上红飘带。
在包装材质这块飞天茅台也要更好，当时用于内销的金轮牌茅台(五星茅台前身)，使用的酒瓶为土陶瓶，而飞天茅台则是白瓷瓶。
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收藏价值不同
早期飞天茅台主要用于出口，国内很难买到，所以早期的飞天茅台现存量很少。物以稀为贵，所以同等年份、同等品相的飞天、五星，飞天价格会更高。现在飞天的产量早已经超过五星了，在稀缺性这块自然不占优势。
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