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外观不同
花甲：贝壳较瘦长，是长卵圆形。壳面黄褐色或浅紫色，密布不太规则的紫色博文状花纹，并常被有1层光亮的壳皮，同心生长线较细密。壳内白色或略带紫色，外套窦弯入浅。
沙甲：贝壳大，略呈三角形，较薄。壳顶位于贝壳中部稍靠前方。腹缘圆，壳表具有黄褐色发亮的外皮。顶部淡紫色。生长纹细密而明显。贝壳内面淡紫色，壳顶部颜色较深。铰合部宽大。前闭壳肌痕近方形，后闭壳肌痕卵圆形。
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生存环境不同
花甲：又叫花蛤，属于淡水甲，人工养殖。
沙甲：又叫沙蛤、西施舌，属于咸水甲，生活在潮间带下区和浅海的细沙滩，是一种珍贵的海产食品。中国福建省长乐生产较多。
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营养价值不同
花甲：花甲的营养成分虽然比不上沙甲，但花甲具有药用价值，能滋阴润燥、利尿消肿、软坚散结。花甲炖熟食用，一日三次可治糖尿病;蛤蜊肉和韭菜经常食用，可治疗阴虚所致的口渴、干咳、心烦、手足心热等症;常食花甲对甲状腺肿大、黄疽、小便不畅、腹胀等症也有疗效;一般人群均可食用花甲;高胆固醇、高血脂体质、患有甲状腺肿大、支气管炎、胃病等疾病的人尤为适合食用花甲;有宿疾者应慎食，脾胃虚寒者不宜多吃花甲。
沙甲：沙甲的营养特点是高蛋白、高微量元素、高铁、高钙、少脂肪;它的营养也比较全面，它含有蛋白质、脂肪、碳水化合物、铁、钙、磷、碘、维生素、氨基酸和牛磺酸等多种成分，比花甲要高。
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