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外形不同
鳗鱼：鳗鱼仔鱼体长体长6厘米左右，体重0.1克，头狭小，身体高、薄又透明像片叶子一般，所以称为柳叶鱼，体液几乎和海水一样，所以可以很省力地随着洋流作长距离的漂送，成鱼最大个体为45厘米，体重1600克。
黄鳝：鳝鱼体长约20.70公分，无鳞或具很小鳞片，背、臀鳍很低且绕过尾端相连续，鳃通常仅于喉部有一外鳃孔，前段管状，至尾渐侧扁，尾端扁细，全体裸露无鳞，头大，锥形，吻尖，体细长呈蛇形，体前圆后部侧扁，尾尖细，头长而圆。
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生活环境不同
鳗鱼：中国的鳗鱼主要分布在长江、闽江、珠江流域、海南岛及江河湖泊中，全世界鳗鱼主要生长于热带及温带地区水域，除欧洲鳗及美洲鳗分布在大西洋外，其余均分布在印度洋及太平洋区域。
鳝鱼：鳝鱼有青、黄两种，大的有二、三尺长，喜欢安静，一般静卧在水底，生活在水边泥洞和石缝里，夏季出来，十一、十二月藏于洞中，在川、云、贵、渝、湘、鄂、皖、豫等各地都有分布。
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口感不同
鳗鱼生活中江海交界处，但是鱼刺不多，不过鱼腥味较重。
鳝鱼一般生长在稻田、小河、小溪、池塘、河渠、湖泊等淤泥质水底层中，因此若是处理不干净，食用起来会有些土腥味，但是肉质很是鲜美细腻。
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营养功效不同
鳗鱼味甘，性平，归肝、肾、脾经，具有滋补强壮、去风杀虫、补虚养血、强精壮肾的功效，对治疗肺结核经久不愈而造成的身体虚弱、结核发热、赤白带下、风湿、骨痛、体虚等有治疗效果。
鳝鱼味甘，性温，归肝、脾、肾经，具有补中益气、养血固脱、温阳益脾、强精的功效，适宜于身体虚弱、气血不足、营养不良、子宫脱垂、糖尿病、心脑血管病、痔疮出血、肾虚腰痛、四肢无力、风湿麻痹等症。
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