1
内镜检查
在各项辅助检查中，内镜检查是明确诊断、排除其它疾病，以及监测治疗效果和了解克罗恩病复发的最重要手段。
确诊依据：肠管节段性受累、铺路石样改变，肠黏膜溃疡、充血水肿和脓苔等改变，如果是手术后病情复发，常表现为肠吻合口溃疡。
2
CT 和CT小肠造影(CTE)检查
也有助于帮助诊断，排除其它疾病，并明确克罗恩病病变程度、范围、是否有淋巴结肿大和腹腔脓肿等并发症。
确诊依据：典型的改变是肠壁增厚、肠腔狭窄、肠系膜增厚和淋巴结肿大等。
3
血液学检查
在克罗恩病的诊断与治疗中亦不能忽视血液学检查，血常规、血生化检查除可以反映是否存在感染、贫血、营养不良等并发症外，还可以反映治疗药物对机体的影响。
确诊依据：C反应蛋白(CRP)和血沉(ESR)是反映病情活动的重要指标;血清抗酿酒酵母抗体(ASCA)也是CD较为特异性的指标。有些指标虽对CD的诊断没有直接帮助，但有助于与其它疾病相鉴别，比如ANCA和HLA-B5等。
4
全消化道钡餐检查
该检查可帮助明确肠道病变性质、部位及范围。
确诊依据：典型的CD钡餐影像为肠管节段性狭窄及黏膜皱襞消失，肠道铅管样改变、跳跃征、铺路石样改变等，合并肠内瘘时可有星芒征等改变。
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