食物多样化
数百种细菌生活在我们的肠道中，每个物种扮演不同的角色，需要不同的养份才能生长，每种肠道细菌对您的健康都有不同的影响，健康的肠道菌群被认为是肠道细菌物种谱最广的肠道微生物组，这是因为在你的消化系统较为种细菌，越高，其健康的好处。
确保肠道菌群的多样性的最佳手段是多样化的饮食，包括许多不同的类型的食物越好，而且我们还食用许多富含脂肪和糖的食物，全世界食用的食物中有75%仅来自12种植物和5种动物，在一些农村地区，人们的饮食种类更多，植物资源也更多，大量的研究表明，人们在非洲和南美洲的农村地区有了更多样化的肠道菌群比欧洲人或美国人，食用多样化的饮食，富含天然的非工业食品，可促进肠道菌群的多样性，这对您的健康至关重要。
多吃蔬菜，豆类和水果
有益健康的肠道菌群的最佳养份来源是水果和蔬菜，它们含有大量不易消化的纤维，可作为肠细菌的食物，从而支持其生长，豆类和豆类是其他不可消化纤维的丰富来源，用作肠道菌群食物的其他高纤维食物包括。
山莓。
青豆。
西兰花。
扁豆。
豆。
全谷物食品。
一项研究发现，富含水果和蔬菜的饮食可以防止肠道中病塬菌的过度生长，进一步的研究表明，苹果，蓝莓，杏仁和开心果使用在人体消化道，增加双歧桿菌双歧桿菌的健康细菌量，双歧桿菌被认为是有益细菌，因为它们可预防肠道炎症并改善肠道整体健康，水果和蔬菜是纤维的丰富来源，可作为肠道细菌的食物，并促进包括双歧桿菌在内的消化道中健康细菌的生长。
多吃发酵食品
发酵食品是经过细菌或其他微生物加工的食品，因为这些健康的细菌经常含有它们，所以它们也被称为益生菌，发酵通常在细菌或酵母菌的存在下进行，细菌或酵母菌将食物中的醣类转化为有机酸和醇类，发酵食品包括。
酸奶。
泡菜。
酸菜。
康普茶。
这些食物大多数都是乳酸菌的丰富来源，而乳酸菌是一种健康的肠道细菌，食用大量 酸奶的人不仅在肠道中有更多的乳酸菌，而且肠道细菌的数量也更少，而肠道细菌与炎症和许多慢性疾病有关，一些研究表明，酸奶的使用调节肠道菌群，减轻的表现乳糖不耐症的婴儿和成年人，一些酸奶产品还可以减少大肠激躁症患者的有害细菌数量。
两项研究证实，酸奶可以改善肠道微生物组的功能和组成，重要的是要注意，商店出售的大多数酸奶都含有大量的碳水化合物，在健康方面，最好的是纯天然酸奶，仅通过将酸奶细菌培养物添加到纯牛奶中来生产，发酵豆浆还促进了健康细菌的生长，同时减少了坏病塬细菌的数量，泡菜也影响肠道微生物群落，发酵食品尤其是天然酸奶，可改善肠道菌群的功能，因为它们支持健康细菌的生长，并且反过来可防止肠道中病塬性细菌的生长。
限制人造甜味剂的使用
人造甜味剂通常用作糖替代品，一些研究表明，它们可能会对肠道微生物组的健康产生不利影响，给予人造甜味剂的大鼠肠道中也有更多的肠桿菌，这可能导致更严重的疾病，另一项研究在小鼠和人类中产生了相似的结果，已经表明，人造糖对血糖水平具有反常的负面影响，因为肠道中的细菌会将其分解为有害物质，人造甜味剂对肠道菌群的质量有负面影响，因此会对血糖水平产生负面影响。
吃益生元食品
益生元是支持肠道健康微生物生长的食品，这些主要是人类细胞无法消化的纤维和支链碳水化合物，生活在我们肠道中的细菌难以消化的纤维和复杂的碳水化合物可以分解并从中获取进一步生长繁殖所需的能量，益生元可以在各种不同类型的水果和蔬菜中找到，例如在全谷物产品中也可以找到，但是您也可以在药房购买它们作为膳食补充剂。
已经显示出所谓的抗性淀粉也是非常好的益生菌，这种类型的淀粉不会在小肠中吸收，而是自由地进入大肠，并在此被肠道菌群分解，它的丰富来源是例如豆类或生马铃薯，许多研究表明，益生元可以促进有益细菌的生长，包括双歧桿菌。
这些研究中有许多是在健康人中进行的，但是一些研究表明，益生元也可以帮助患有某些疾病的人，例如一些益生素降低肥胖的人，这些结果表明，益生元可以降低肥胖相关疾病，包括心臟病和糖尿病的危险因素，益生元支持健康细菌尤其是双歧桿菌的生长，它有助于减轻肥胖人群的代谢综合症症状。
