通过洗肠来洗去大便和毒素，从理论上说是对的。但人不可能经常洗肠，因为人天天要吃饭，代谢产物天天在产生。所以，洗肠的排毒功能还是极其有限的。第二，灌多少水很有讲究，个人耐受性各不相同，稍不留神就会出问题。特别是有肠道疾病的患者，如果不慎会导致肠穿孔。第三，洗肠时要把一根导管通过肛门插入到直肠6厘米左右的深处，操作规程是严格要求一人一管，即进出水管必须是一次性使用。
如果违规操作，不仅可能破坏患者体内的酸碱平衡，甚至造成患者肠穿孔及发生逆向感染的可能。另外，灌入肠道的液体不能保证一点也不外流。如果有的人肛门括约肌比较松弛，灌入100毫升，可能要流出5毫升，特别是女性，肛门离尿道、阴道口很近，灌洗液中的大便流出时很容易污染尿道和阴道。
针对一些洗肠广告上宣传的美容、减肥、治疗糖尿并肝病甚至脚气的作用，专家说，通便、排宿便是洗肠的直接效果，至于说美容和减肥，理论上没什么依据。脂肪的吸收在小肠已经完成了，洗结肠怎么能减肥?至于说治病，洗肠的确能缓和一些糖尿并肝病患者的并发症，但不能治本。
很多人是为了减肥去洗肠的，据说洗完后，确实可以看到漂浮的油脂物。这是因为大肠中的粪便是没有任何营养物质的，它只是参与大便形成以及吸收水和电解质。洗肠洗去的只是大肠中的大便及其他废物，同时也带走极少量小肠中的营养物质。当然，如果吃得太油，小肠的吸收已经达到了超饱和状态，多余的脂肪才会漏到大肠。这种情况下，人们往往可以看到有少量脂肪漂浮在水中，于是信以为真。其实排出的是粪便，并不是脂肪。
虽然机械洗肠可将肠道内该吸收的油脂和残渣排出体外，一定程度上可起到降血脂，清宿便的作用，但水疗也有禁忌症，比如痔疮出血期和炎症期，刚做完结肠手术的患者，以及肿瘤期患者和有严重心脏疾病的人均不宜接受水疗。具体操作的工作人员如果未曾受过医学培训，在遇到意外情况时不能有效地进行处理，也可能会对患者造成伤害。频繁洗肠可导致肛门括约肌更为松弛，便意不敏感，间隔时间以一年为宜，最少也要间隔半年以上。水疗还是一种辅助治疗手段，不应简单地视为生活服务。
