本外务省亚洲大洋洲局审议官北野充当天就召见了中国驻日大使馆公使刘少宾，称中国渔船“进入日本领海非法作业”。亚洲大洋洲局局长斋木昭隆通过电话向中国驻日大使程永华提出抗议。
中国外交部副部长宋涛当日奉命约见日本驻华大使丹羽宇一郎，就日方在钓鱼岛海域拦截中国渔船事提出严正交涉，要求日方停止非法拦截行动。
中国驻日本大使馆也向日方提出严正交涉，对日方非法抓扣中国渔民、渔船的行径表示强烈抗议，要求日方立即放人、放船，确保中方人船安全。
外交博弈
日方无视中方要求，在司法层面层层推进，试图造成既成事实，令事态升级。
9月8日凌晨2时许，日本海上保安厅非法扣押船长詹其雄，并于7时许抵达冲绳县石垣岛港口。其他14名中国船员和渔船当天下午与两艘巡逻船一同抵达石垣港。日方不允许船员“入境”上岸，让他们待在船上。
海上保安厅长官铃木久泰当天召开新闻发布会，妄称将按日本“国内法律严肃处理”。
中国驻日本大使馆和福冈总领事馆4名馆员8日赶至石垣岛，敦促日方尽快放人、放船。中方人员登上渔船探视并慰问了渔民。
9日，石垣海上保安本部逮捕詹其雄，并将他移送给那霸地方检察厅石垣支部。
对于日方设置的“司法陷阱”，中方提出强烈抗议。外交部发言人姜瑜9日说，日方对在钓鱼岛海域作业的中国渔船适用日本国内法是“荒唐、非法和无效的”，中方决不接受，“当务之急是日方立即无条件放人放船，避免事态进一步升级”。
姜瑜同时警告，“领土主权争议高度敏感，处理不当，将对中日关系大局造成严重冲击。日方对此应有清醒认识。”
姜瑜重申，钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国的固有领土，中国对此拥有无可争辩的主权。“中日双方在钓鱼岛主权归属问题上存在争议是客观事实。我们主张在尊重事实的基础上通过谈判妥善解决问题。”
冲绳县那霸地方检察厅石垣分院10日向法院提出申请，要求拘留詹其雄。当地时间下午2时许，詹其雄被带到石垣简易法院(日本最低一级法院)。这家法院批准拘留詹其雄至19日，后者于当天4时左右被移至石垣地方检察机关。
同一天，中国外交部长杨洁篪召
