益生菌可能缩短腹泻病程，但不是所有的益生菌菌种都有益处，也不是对所有类型的腹泻都有益处。
急性肠胃炎
关于急性肠胃炎，12个各国和国际组织的相关指南里，5个推荐用益生菌，7个没有推荐。但是，推荐使用益生菌的指南都提供了来自临床试验和meta分析的证据，还是比较可靠的。鼠李糖乳杆菌和鲍氏酵母菌有最引人注目的有效的证据，它们可能帮助缩短腹泻病程约一天。
坏死性小肠结肠炎
梭状芽孢杆菌感染可能引起严重的腹泻和结肠炎，益生菌可能预防这类感染。也有一定证据表明益生菌可以减少复发的可能。益生菌有可能降低早产儿的坏死性小肠结肠炎的发病率和死亡率。但是相关指南并不建议日常服用益生菌，需要更多数据才能给出相关建议。
抗生素引起的腹泻
中等水平的证据表明益生菌对由抗生素引起的腹泻可能会有帮助。大约10%-30%服用抗生素的人可能引起腹泻。针对儿童和成人的研究都有发现在服用抗生素前和同期服用，可以降低腹泻的风险。对于抗生素引起的腹泻，有4个meta分析都报道了益生菌有不同程度的预防腹泻的效果。最有效的也是鼠李糖乳杆菌和布拉氏酵母菌。
“水土不服”
旅途中的腹泻，常常被中国人称为“水土不服”，其实引起的原因常常是吃了不干净的食物或者喝了不干净的水。有时候这种腹泻可能持续一个月甚至更久。并没有可靠的证据表明益生菌对这种类型的有任何帮助。
其他炎症性肠病
益生菌还可能用于一些炎症性肠病的治疗，比如可能有助于溃疡性结肠炎的治疗，但目前对其他类型的炎症性肠病还没有有力的证据表明益生菌有帮助。
总的来说，益生菌对感染引起的急性腹泻(持续时间2周内)，可能缩短腹泻持续的时间，而对持续时间超过2周的腹泻目前研究证据还不足。
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