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自身免疫原因
小儿溃疡性结肠炎常并发自身免疫性溶血，类风湿关节炎，红斑狼疮，桥本病，虹膜炎等，且用肾上腺皮质激素类药物或其他免疫抑制剂治疗有效，因此考虑本病可能为一自身免疫性疾病。
感染原因
一些患儿用抗生素治疗有效。
饮食过敏原因
某些食物可使病变复发，去除这些饮食后病情可缓解。
遗传原因
患者家族中有15%～30%发病者。
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