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发病部位不同
精囊炎的指男性精囊部位的炎症，属于生殖系统方面的疾病。而尿道炎是指尿道黏膜的炎症，属于泌尿系统，女性多发。
症状表现不同
精囊炎和尿道炎都有尿急、尿频、尿痛等不适表现，但尿道炎的主要表现为尿痛和尿道溢脓液(不排尿时即有)，精囊炎最明显的表现为血精。
致病菌不同
精囊炎多由金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌及大肠杆菌等引起。而尿道炎是由病原微生物(如淋球菌、衣原体、滴虫或真菌等)引发的。
检查方法不同
精囊炎一般需要做精液常规检查、B超检查和CT、磁共振扫描等检查确诊病因。而尿道炎检查主要是做尿常规检查，一些需要做行尿道膀胱镜检查以便明确病因。
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