成分不同
黄连上清片主要成分为黄连、栀子、连翘、炒蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、黄岑、菊花、薄荷、大黄、黄柏、桔梗、川穹、石膏、旋覆花、甘草。辅料为：糊精、硬脂酸镁、蔗糖、滑石粉、明胶、柠檬黄、虫白蜡。
牛黄解毒片里边包括的成份有人工牛黄、雄黄、熟石膏、大黄、黄芩、桔梗、冰片、夏枯草等，大多数全是某些清热解毒祛火的中药材。
功效不同
黄连上清片主要功能在于“清热通便、散风止痛”，也就是针对外感风热病邪所致的各类疾病。用现代语来说，也可用于治疗急性扁桃腺炎、口腔溃疡、急性中耳炎、齿龈炎、結膜炎、前庭神经元炎、急性咽喉炎、青春痘、粉刺等相关症状。
牛黄解毒片主要是用于火热内盛，咽喉肿痛，牙龈肿痛，口舌生疮，目赤肿痛。黄连上清丸，散风清热，泻火止痛。用于风热上攻、头晕目眩、牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛耳鸣、大便秘结、小便短赤。
副作用不同
黄连上清片在常规用法用量一般没有什么副作用，个别可能会出现胃肠道方面的症状引起烧心、反酸、纳差、恶心、呕吐、腹痛、腹泻，当然都比较罕见，个别会出现过敏反应，在用药后出现局部皮肤发红、瘙痒、皮疹，甚至类似荨麻疹样的改变。
长期应用牛黄解毒片可能会产生一些副作用，可以对患者的神经系统，消化系统，泌尿系统，血液，呼吸以及皮肤产生一些有毒的副作用。
牛黄解毒片中主要有毒物质为雄黄，而且含量比较大，其成分是重金属，除了对肝脏、肾脏、血液系统、神经系统与生殖系统有毒害作用外，还会作用于蛋白质引起过敏性病变，常见的过敏反应可以表现为，皮肤丘疹样斑块、瘙痒等。
严重患者还会出现剥脱性皮炎、过敏性休克等，牛黄解毒片引起的神经系统副作用，可以表现为嗜睡、神志不清、四肢抽搐等。
消化系统表现，可以出现上腹不适，恶心，呕吐，腹泻、便血等。对于泌尿系统症状，患者可能会出现尿急、尿频、腰部不适、出血性膀胱炎、血尿等。
呼吸系统表现，患者可以出现咳嗽，胸闷、口唇发绀，呼吸困难、不能平卧等，另外牛黄解毒片可能还会造成一些成瘾性。
