外观不同
草果呈长椭圆形，具三钝棱，长2～4cm，直径1～2.5cm。表面灰棕色至红棕色，具纵沟及棱线，顶端有圆形突起的柱基，基部有果梗或果梗痕。果皮质坚韧，易纵向撕裂。剥去外皮，中间有黄棕色隔膜，将种子团分成3瓣，每瓣有种子多为8～11粒。种子呈圆锥状多面体，直径约5mm;表面红棕色，外被灰白色膜质的假种皮，种脊为一条纵沟，尖端有凹状的种脐;质硬，胚乳灰白色。
肉豆蔻为肉豆蔻科植物肉豆蔻的成熟种仁，属香草类草本植物，味食香料;肉豆蔻种仁呈卵圆形或椭圆形，长2至3.5厘米，宽1.5至2.5厘米;表面灰绿色或暗棕色，有网状沟纹，两端间有明显纵沟，质坚硬，碎断面可见大理石纹理;纵切时可见宽端有小形腔隙，内藏小形干缩的胚，子叶卷进曲，表面呈灰棕色。
使用方法不同
肉蔻的香气比较浓烈，增香去异的功能特别强，尤其是一些油脂比较丰富的食材，比如猪头肉的部分就跟肉蔻、良姜、砂仁十分搭调。肉蔻瓣粉末还可用于制作甜品，如布丁(Pudding)和巧克力(Chocolate)等。不过如果要将肉蔻制成粉末用作甜点的话，一般还是进行去脂比较好，它本身就是种子，油脂比较丰盈。
草果算是在卤水中非常多见的香料之一，辛香开胃，可以去腥除异之外，对于卤水中的香味还起到了承前启后、固守中庸的作用。常见的用法就是将草果拍散，然后用酒浸泡一会去掉那个好像烟熏一样的味道，然后就可以使用了，如果卤的食材味道比较轻，可以考虑将草果里面的籽去掉再用。
功效不同
肉蔻的主要功效为温中散逆，入胃除邪，下气行痰，厚肠止泻。不过本品用量不宜过大，过量可引起中毒，出现神昏、瞳孔散大及惊厥。人服肉豆蔻粉7.5克，可引起眩晕，甚至谵语、昏睡，大量可致死亡。
草果的主要功效是破瘴疠之气，发脾胃之寒，截疟除痰。有温中健胃，消食顺气，祛寒湿的功能，并能解酒毒，去口臭。入药能治心腹疼，食积不消，止泻，呕吐，食欲不佳，咳嗽痰多，胸满腹胀等症。
