1、有部分医院没有采用专业的水中分娩设备，也没有经过专业的操作培训，有可能发生不该出现的意外，如出现新生儿因呛水而死亡等可怕后果，同时非专业的水中分娩设备在消毒及如何防止感染等方面还有难点，建议采取水中分娩方式的母亲在选择医院时要慎重。用浴缸、按摩缸及分娩放松池开展水中分娩的风险较大，尤其是分娩用水没经过无菌处理的更易造成感染，去这类医院进行水中分娩应慎重考虑。
2、水中分娩并不适宜所有孕妇
3、从产妇身体里流出的血液和分泌物可能导致细菌感染，容易带给产妇和婴儿致命的危险。如果羊膜破水，或者温水被汗染，就应该马上换上干净的水。
4、费用昂贵。由于水中分娩需使用浴池、消毒设施、无菌系统、水质、温度管理，因此水中分娩费用比较昂贵。
5、很难监测胎儿的心跳情况。在水中分娩时，很难安装测量胎儿心跳和孕妇子宫收缩程度的仪器，使得持续监测孕妇或胎儿的状态有难度，当出现危险时会很难监测诊断出来。
6、新生儿肚脐以上的身体一露出母体，胸腔的呼吸机构就开始工作，如果这个时候婴儿还在水中，可能将会带来严重后果，新西兰的妇产科专家就发现有新生儿在水中分娩时几乎被溺毙，出现中重度的呼吸问题，虽然经过抢救，没有造成永久性伤害，但仍然要引起重视。因此有研究指出，婴儿出生后在水中的停留时间不能超过一分钟。
7、在生产过程中，如果出现感染、胎儿心跳不正常等现象，产妇需要马上离开产盆，上产床去处理。
8、目前的分娩方法可以诱导胎儿在刚出生后呼吸氧气，而这有助于胎儿的健康。通过产道时，胎儿会蓄积一定量的预备氧气。这是因为在他刚出生的时候，脐带会瞬间凝固，从而中断供氧。在新生儿刚出来时打屁股，也是因为这个原因。但是在水中分娩的时候，胎儿刚出生时是在水中的。也就是说，胎儿在适应呼吸的过程中很有可能会遇到不可预测的变数。稍一失误，胎儿就会因呼吸困难而出现大脑麻痹、低能儿、学习障碍等症状。
9、根据水中分娩的技术要求，在实施水中分娩之前，孕妇要先进行灌肠，然后才会泡在水里，而这是有副作用的。因人体构造的原因，孕妇的灌肠不可能很彻底，而如果没有彻底灌肠，就会造成水污染，这对胎儿的坏处也是很大的。
10、水中分娩方式对产妇的体力和健康产生的副作用。产妇在分娩的过程中已经很累了，但她还要在冷水和温水中来回，因此有可能会加深疲劳度。如果产妇出汗太多，很有可能会出现水分不足的症状。另外，产妇在水中呆久了，阴道很有可能会吸收水中的污染物质，从而引起阴道感染。
